Depuis 2005, de nombreux suivis microbiens (biofilms) on été effectués au sein de deux cours d'eau du Beaujolais : trois stations (Saint Joseph, Versauds et Saint Ennemond) réparties le long de la Morcille et trois stations (Châtillon, Serrières et Pizay) réparties le long de l'Ardières, afin d'évaluer les effets de la pollution d'origine viticole (pesticides organiques, métaux, nutriments) sur les commuanutés algales et bactériennes présentes dans le cours d'eau sous forme de biofilms. Ont été mesurés des paramètres globaux, de structures (biodiversité microbienne, taxonomie des diatomées…) et fonctions (décomposition de matières organiques dissoutes et de litières végétales, capacité de biodégradation de pesticides, photosynthèse …). Ces suivis ont été régulièrement complétés par des études en canaux artificiels de laboratoire pour appréhender plus finement ces effets dans des conditions controlées. Les données chimiques associées aux mesures biologiques sur le terrain sont présentées dans les fiches relatives aux stations citées plus haut.
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